民國54年9月設置雲林縣古坑鄉古坑國民學校水碓分校
民國55年2月第一任分校主任謝若峰先生
民國56年9月奉准成立雲林縣古坑鄉水碓國民學校
民國56年9月兼代校長林鎮海先生
民國57年4月首任校長黃勝國先生
民國57年8月改校名為雲林縣古坑鄉水碓國民小學
民國63年8月第二任校長徐蘭泰女士
民國70年8月第三任校長廖振泉先生
民國81年10月開辦午餐
民國82年8月第四任校長傅淑玢女士
民國84年8月第五任校長劉宏先生
民國86年8月第六任校長蘇遂初先生
民國89年8月第七校長王冬雅先生
民國94年8月第八任校長劉俊委先生
民國96年12月教育部補助老舊校舍整建落成
民國101年2月書海書海圖書室空間改造完工
民國102年8月第九任校長喬 祺先生
民國104年12月午餐廚房鍋爐及冰箱更新
民國105年9月籃球場整建完工
民國106年簡易高爾夫球場完工
民國106年5月本校榮獲教育部閱讀磐石獎
民國107年圖書室耐震補強工程完工
民國108年班班有冷氣安裝完成
民國110年8月第十任校長吳國誠先生
民國112年7月4日操場PU跑道及太陽能光電風雨球場動工，113年1月23日竣工
民國113年7月老舊廁所改建工程開工